A área nuclear do Semiárido compreende todos os estados do Nordeste brasileiro, além do norte de Minas Gerais, ocupando cerca de 10% do território nacional. Seu interior, o Sertão nordestino, é caracterizado pela ocorrência da vegetação mais rala do Semiárido, a Caatinga. As áreas mais elevadas sujeitas a secas menos intensas, localizadas mais próximas do litoral, são chamadas de Agreste. A área de transição entre a Caatinga e a Amazônia é conhecida como Meio-norte ou Zona dos cocais. Grande parte do Sertão nordestino sofre alto risco de desertificação devido à degradação da cobertura vegetal e do solo.
O Cerrado ocupa a região do Planalto Central brasileiro. A área nuclear contínua do Cerrado corresponde a cerca de 20% do território nacional, sendo que há grandes manchas desta fisionomia na Amazônia e algumas menores na Caatinga e na Mata Atlântica. Seu clima é particularmente marcante, apresentando duas estações bem definidas. O Cerrado apresenta fisionomias variadas, de campos limpos desprovidos de vegetação lenhosa a cerradão, uma formação arbórea densa. Esta região é permeada por matas ciliares e veredas, que acompanham os cursos d’água.
A Mata Atlântica, incluindo as florestas estacionais semideciduais, originalmente foi a floresta com a maior extensão latitudinal do planeta, contendo de6 a 32os. Esta já cobriu cerca de 10% do território nacional. Hoje, porém, a Mata Atlântica possui apenas 4% da cobertura original. A variabilidade climática ao longo de sua distribuição é grande, apresentando climas temperados superúmidos no extremo sul e clima tropical úmido e semiárido no nordeste. O relevo acidentado da zona costeira adiciona ainda mais variabilidade a este ecossistema. Nos vales geralmente as árvores se desenvolvem muito, formando uma floresta densa. Nas encostas esta floresta é menos densa, devido à frequente queda de árvores. Nos topos dos morros geralmente aparecem áreas de campos rupestres. No extremo sul, a Mata Atlântica gradualmente mescla-se com a floresta de Araucárias.
O Pantanal mato-grossense é a maior planície de inundação contínua do planeta, coberta por vegetação predominantemente aberta e que ocupa 1,8% do território nacional. Este ecossistema é formado por terrenos em grande parte arenosos, cobertos por diferentes fisionomias devido à variedade de microrrelevos e regimes de inundação. Como área transacional entre Cerrado e Amazônia, o Pantanal ostenta um mosaico de ecossistemas terrestres com afinidades, sobretudo com o Cerrado.